Az animének rengeteg műfaja létezik, a hagyományos, élőszereplős filmekhez hasonlóan: akció, kaland, gyerekmesék, romantika, dráma, középkorban játszodó vagy fantasy, sci-fi, okkult/horror, erősen pornográf (hentai).

A legtöbb anime átmenetet képez több műfaj között, és többfajta motívumot tartalmaz. Így az egyes filmek kategóriákba szorítása nehézségekbe ütközhet. Előfordul, hogy egy animének látszólag egyszerű története van a felszínen, de ezzel egyidőben létezik egy bonyolultabb, mélyebb cselekmény és karakterfejlődés. Szokásos, hogy egy akciódús anime humoros, romantikus vagy akár szívbe markoló elemeket is magában foglal. Ugyanúgy előfordulhatnak egy elsősorban romantikus animében erős akciójelenetek. Nem ritkák azok a történetek, amik látszólag viccesen bugyután kezdődnek, de a végkifejlet drámai, komoly mondanivalóval.